文档包含正文，附件：研究方案、经费预算表、项目进度计划表、保密协议。
林木基因组研究合同
甲方（委托方）：____
乙方（受托方）：____
根据《中华人民共和国民法典》《中华人民共和国科学技术进步法》《中华人民共和国种子法》《中华人民共和国森林法》等相关法律法规，甲乙双方在平等自愿、互利共赢的基础上，就林木基因组研究项目达成如下协议：
第一条 研究内容和目标
1.1 研究内容：
1.1.1 针对__树种（具体树种名称）进行全基因组测序，包括但不限于：
a) 高质量DNA提取，使用Nanopore PromethION平台进行长读长测序，覆盖度不低于100X；
b) 使用Illumina NovaSeq 6000平台进行短读长测序，覆盖度不低于150X；
c) 采用Hi-C技术辅助基因组组装至染色体水平。
1.1.2 基因组注释，包括但不限于：
a) 结构注释：预测编码基因、非编码RNA、转座子等元件；
b) 功能注释：利用SwissProt、NR、InterPro等数据库进行功能预测；
c) 比较基因组学分析：与至少3个近缘物种进行系统发育分析。
1.1.3 针对__（具体性状，如抗寒、抗旱、速生等）的关键基因进行CRISPR/Cas9基因编辑，包括但不限于：
a) 靶向设计至少5个候选基因的sgRNA；
b) 构建CRISPR/Cas9表达载体；
c) 农杆菌介导的遗传转化。
1.1.4 抗__（具体病害名称）树种研发：
a) 筛选至少10个与抗性相关的候选基因；
b) 开发分子标记，用于辅助选择育种；
c) 建立高效的组织培养和再生体系。
1.2 研究目标：
1.2.1 完成目标树种的染色体级基因组图谱，N50大于10Mb，基因组完整性（BUSCO评分）不低于98%；
1.2.2 鉴定并注释不少于30,000个编码基因；
1.2.3 发现至少5个与目标性状相关的关键调控基因；
1.2.4 获得至少1株经基因编辑的目标性状改良植株，并通过分子检测验证；
1.2.5 开发3-5个可靠的分子标记，用于抗性育种筛选。
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